康熙三十五年（1697年），康熙积极进行第三次亲征朔漠的军事准备，为此，康熙亲临宁夏，三月兵分两路西进。四月，康熙率大军抵狼居胥山，摆出军事围剿的姿态。
噶尔丹在政治上、军事上均面临绝境，他的多个亲信先后降清，而他自己也一筹莫展。当时留在噶尔丹身边的仅有阿拉尔拜、讷颜格隆二人，“余下不及百人，其有余者，人各有马驼二三，而止有一马者为多，无马者近三十人，牛羊则全无，捕兽而食，不获兽则杀马驼以食”。
噶尔丹尽管处境艰难，但他是决不甘心投降的，有一则西方记载这样描述：“（康熙）皇帝后派去了两个准噶尔人，他们也被（噶尔丹）接见了，他们向他报告了帝国的实力以及被俘人员等如何在中国得到了一个舒服的收容所。当然，所有这些话，那个骄傲的首领，是听不进的。据说，他一言不发地中断了接见。”康熙三十六年（1697年）三月初，噶尔丹逃窜到阿察阿木塔台地方。尽管身边没有多少部众，仅有的部众也瘦弱的不成人形，但这个骄傲地家伙还没有放弃自己的重新崛起的希望，还“曾遣人约丹济拉，会于阿察阿木塔台”。但是噶尔丹尚未及与丹济拉会面，于三月十三日在科布多阿察阿穆塔台地方暴病而死，“早辰得病，日晚即死，不知何病”。亲信当天即“夜焚其尸”，并带着噶尔丹尸骸，及噶尔丹之女钟察海，共300户至内地降清。
康熙三十六年（1698年）四月，康熙终于迎来了噶尔丹的死讯，对于这个家伙的死因，历史众说纷纭，但对康熙来说，他的死因并不重要，重要的是这个难缠的家伙终于死了。
噶尔丹算得上一位枭雄，他数十年戎马，战绩显赫；他纵横捭阖，在北方草原上叱咤风云的人物。他领导下的准噶尔汗国是17世纪下半叶我国政治舞台上的强大力量。
噶尔丹的失败与他在政治上、军事上的决策失误有关，与遇到康熙这个雄才大略难以战胜的对手有关，也与他选择了错误的盟友有关。噶尔丹意图借助沙俄这个外部势力，实现自己的雄心，却没有意识沙俄自有其利益，他们是以侵略中国为目的，以获取更多利益为目的的侵略者，一旦需要的时候，可以毫不犹豫地抛弃自己的盟友。也因此，噶尔丹与沙俄的政治、外交实践活动是失败的。噶尔丹不但没有达到借沙俄力量与清王朝抗争的目的，但却被沙俄利用，成了沙俄与清朝政府讨价还价的筹码。
康熙平定了准噶尔贵族分裂叛乱，取得了战争的胜利，不仅维护、巩固了西北边陲，消灭了准噶尔贵族分裂势力，而且也打击了沙皇沙俄侵略中国的野心，维护了祖国的安定统一。
